문 대표측에서는 이 사건을 정권이 검찰과 법원을 회유하여 문대표를 제거하기위해 시도한 정치적 음모로 보고 있다.
문대표가 지난 총선에서 이명박 대통령의 핵심 공약인 ‘경부대운하 저지’를 누구 보다 앞장서서 반대했고 ‘대운하의 전도사’를 자칭하던 이재오 전 의원의 아성이라고 할 수 있는 은평을을 지역구로 택하여 이재오를 낙마시킴으로서 대운하 계획을 결정적으로 좌절시켰을 뿐 아니라, 미국산 쇠고기 수입이나 언론악법 반대 등 이명박 대통령의 정책에 사사건건 반대함으로서
'문국현은 정권에 미운털이 제대로 박힌 제거대상'으로 지목되었다고 보고 있는 것이다.
처음 "문대표가 직접 공천 헌금을 요구했다."는 이한정씨의 증언을 유일한 기소 근거로 시작된 이 재판은 위의 증언에 대해서 이한정씨 스스로가 검찰의 회유와 협박에 의해 이루어진 허위였음을 문서를 통해 고백함으로서 사실상 문대표의 위법을 입증할 근거가 모두 소멸된 상태에서 재판이 진행되었다.
또한 수사와 재판 과정에서 피의자를 회유 협박한 수원지검 윤웅걸 검사와 불고불리의 원칙을 무시한 판결을 내린 이광만 판사 등은 현행법을 위반했거나 법리를 잘못 적용한 판결을 내린 당사자로 처벌이나 징계를 받아야 했지만 두 사람은 사건 이후 각각 서울중앙지검 공안 1부장, 부장판사로 오히려 승진한 부분도 예사로이 지나칠 수 없는 부분이다.
문대표가 의원직을 상실하게 되면 자연스럽게 이재오 전 의원의 정계복귀도 이루어질 수 있다는 점도 이 재판이 정치적 동기에서 비롯된 문국현 죽이기로 판단하게 하는 데 중요한 요소로 작용하고 있다.
엇그재(9월 4일) 평화방송의 PD가 자신이 진행하는 프로에서 한나라당 장광근 사무총장이 자신과의 전화통화에서
"은평을 지역이 10월 재보선 지역에 포함될 가능성이 있는 것으로 듣고 있다", " 이재오 전 최고위원이 나가게 되면 당선될 가능성을 높게 보고 있다"고 발언한 내용에 대해 문대표가 강하게 반발하며 여권의 재판 개입에 대해 추궁하고 나선 것도 같은 맥락이다.
이에 대해 장관근 사무총장은 즉각 여권의 재판 개입설을 부인하는 기자회견을 가졌지만 이제까지 사건의 진행과정을 미루어볼 때 '은평을 10월 재보선 가능성' 발언을 단지 '까마귀 날자 배 떨어진' 해프닝으로 돌리기에는 시기와 정황이 모두 너무 공교롭다 할 것이다.
정권의 입장에서 봤을 때
'문국현죽이기는 곧 이재오구하기'와 동전의 양면처럼 엇물려 있는 것이다.
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